Bioconductor를 활용한 ChIP-seq 데이터 분석 환경 구축
ChIP-seq 분석 개요
이 문서에서는 Bioconductor 프레임워크를 이용하여 ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation sequencing) 데이터를 분석하는 방법을 다룹니다. 전체 워크플로우는 서열 정렬, 품질 관리, 피크 호출, 게놈 영역 분석, 모티프 탐색, 그리고 차등 결합 분석으로 구성됩니다.
필수 도구 설치
IGV (Integrative Genomics Viewer)
게놈 브라우저 시각화를 ...
7월 18일 18:25에 게시됨
ChIP-seq 데이터에서 합의 피크 식별 및 분석
ChIP-seq 데이터 분석 과정에서 여러 샘플 또는 반복실험 간의 피크를 비교하고, 공통되거나 특정 조건에만 나타나는 피크를 식별하는 것은 매우 중요합니다. 이 글에서는 MACS2로 호출된 피크 데이터를 R 환경으로 가져와 GenomicRanges 객체로 처리하고, 최종적으로 합의(consensus) 피크를 정의하는 방법을 다룹니다.
1. 피크 데이터 로드 및 초기 처리
먼단, MACS2에 ...
6월 27일 23:10에 게시됨