ChIP-seq 데이터에서 합의 피크 식별 및 분석
ChIP-seq 데이터 분석 과정에서 여러 샘플 또는 반복실험 간의 피크를 비교하고, 공통되거나 특정 조건에만 나타나는 피크를 식별하는 것은 매우 중요합니다. 이 글에서는 MACS2로 호출된 피크 데이터를 R 환경으로 가져와 GenomicRanges 객체로 처리하고, 최종적으로 합의(consensus) 피크를 정의하는 방법을 다룹니다.
1. 피크 데이터 로드 및 초기 처리
먼단, MACS2에 ...
6월 27일 23:10에 게시됨
ChIP-seq 분석에서 피크 호출 및 후처리
피크 탐지 개요
전사 인자 Myc의 게놈 내 결합 부위를 규명하기 위해선 차등적으로 리드가 축적된 영역을 식별하는 피크 콜러(peak caller) 도구가 필요하다. 다양한 알고리즘이 존재하지만, 현재까지도 가장 신뢰성 있고 널리 사용되는 도구는 MACS2이다. MACS2는 다음 단계를 통해 유의미한 피크를 도출한다:
시퀀싱 리드로부터 프래그먼트 길이 추정
각 리드를 추 ...
5월 21일 02:14에 게시됨