Juicer를 활용한 Hi-C 데이터 기반 스캐폴딩 워크플로우
Hi-C 기술은 삼차원 염색체 구조를 탐구하는 강력한 도구로, 최근에는 de novo 어셈블리된 스캐폴드를 염색체 수준으로 연결하는 데 필수적으로 활용됩니다. 본 문서에서는 이러한 파이프라인의 핵심 구성요소인 Juicer 도구의 설치와 실행 방법을 상세히 다룹니다.
Juicer 개요
Juicer는 Aiden Lab에서 개발한 통합 분석 플랫폼으로, 원시 Hi-C 시퀀싱 데이터부터 상호 ...
6월 30일 22:23에 게시됨
Hi-C 기반 유전체 어셈블리: 3D-DNA를 이용한 염색체 수준 구조화
개요
본 문서는 유전체 어셈블리 과정에서 Hi-C 데이터를 활용하여 contig 수준의 조립 결과를 염색체 수준으로 승격시키는 방법을 설명합니다. 특히 Juicer를 통해 처리된 Hi-C 데이터를 기반으로 3D-DNA 도구를 사용하는 절차에 초점을 맞춥니다. Juicer의 실행 과정은 이전 문서에서 다루었으므로, 여기서는 3D-DNA의 설치 및 실제 적용 방법을 중심으로 설명합니다.
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6월 15일 17:29에 게시됨