Bioconductor를 활용한 ChIP-seq 데이터 분석 환경 구축
ChIP-seq 분석 개요
이 문서에서는 Bioconductor 프레임워크를 이용하여 ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation sequencing) 데이터를 분석하는 방법을 다룹니다. 전체 워크플로우는 서열 정렬, 품질 관리, 피크 호출, 게놈 영역 분석, 모티프 탐색, 그리고 차등 결합 분석으로 구성됩니다.
필수 도구 설치
IGV (Integrative Genomics Viewer)
게놈 브라우저 시각화를 ...
7월 18일 18:25에 게시됨
ChIP-seq 분석에서 피크 호출 및 후처리
피크 탐지 개요
전사 인자 Myc의 게놈 내 결합 부위를 규명하기 위해선 차등적으로 리드가 축적된 영역을 식별하는 피크 콜러(peak caller) 도구가 필요하다. 다양한 알고리즘이 존재하지만, 현재까지도 가장 신뢰성 있고 널리 사용되는 도구는 MACS2이다. MACS2는 다음 단계를 통해 유의미한 피크를 도출한다:
시퀀싱 리드로부터 프래그먼트 길이 추정
각 리드를 추 ...
5월 21일 02:14에 게시됨