RNA-seq 심층 분석: 가설 검정과 다중 검정 보정
학습 목표
모델 적합 과정 이해
두 가지 가설 검정 방법 비교 (Wald 검정 vs. LRT)
다중 검정 보정의 중요성 이해
다중 검정 보정에 사용되는 다양한 기법 이해
1. 모델 적합과 가설 검정
DESeq2 분석의 마지막 단계는 각 유전자의 카운트 데이터를 모델에 적합하고 차등 발현 여부를 검정하는 것입니다.
2. 일반화 선형 모델
RNA-seq에서 생성된 카운트 데이터는 과 ...
7월 26일 02:32에 게시됨
RNA-seq 분석 환경 구축 및 데이터 가져오기
학습 목표RNA-seq와 차등 발현 유전자 분석의 전체 흐름 파악실험 설계의 핵심 고려사항 이해R 언어를 활용한 데이터 분석 방법 습득1. RNA-seq 개요최근 10년간 RNA-seq은 전사체 차등 발현 및 mRNA 선택적 스플라이싱 분석의 핵심 기술로 자리 잡았다. 특정 조건 하에서 어떤 유전자나 전사체의 발현량이 변하는지를 정확히 식별하는 것은 생물학적 반응 메커니즘을 이해 ...
7월 26일 01:58에 게시됨
RNA-seq 데이터 분석: DESeq2를 이용한 차등 발현 분석 가이드
학습 목표
통계 모델 설계 방법 이해
DESeq2 패키지를 활용한 차등 발현 분석 절차 습득
1. 차등 발현 분석 개요
차등 발현 분석의 핵심 과정은 원시 카운트 데이터를 음이항 분포 모델에 적합화하고 통계적 검정을 통해 유의미하게 발현이 다른 유전자를 식별하는 것입니다. 이 과정을 통해 우리는 다양한 표본 그룹 간의 평균 발현 수준에 통계적으로 유의미한 차이 ...
7월 21일 00:07에 게시됨
RNA-seq 상세 튜토리얼: 샘플 품질 관리 (6)
학습 목표
카운트 데이터 변환 방법의 중요성 이해
PCA (주성분 분석) 이해
PCA와 계층적 군집화를 사용하여 샘플 품질을 평가하는 방법 이해
품질 관리
DESeq2 워크플로우의 다음 단계는 QC이며, 이는 샘플과 유전자 수준에서 카운트 데이터에 대한 QC 검사를 수행하여 샘플 또는 반복이 양호하게 보이도록 보장하는 것을 포함합니다.
샘플 QC
RNA-seq 분석 ...
6월 4일 03:13에 게시됨